Die Medienwerkstatt wird von den sie dauerhaft nutzenden und tragenden Projektgruppen in Selbstorganisation verwaltet. Ziel ist die möglichst horizontale (also hierarchiefrei) Kooperation aller NutzerInnen.

Zur Deckung der laufenden Kosten (Miete, Anschaffungen, Abnutzung etc.) werden für die Nutzung der Medienwerkstatt Kostenumlagen erhoben. Diese richtet sich nach Art und Dauer der Nutzung und den fianziellen Möglichkeiten der Nutzer_innen.